Azərbaycan Respublikasının qabaqcıl ali məktəblərindən biri kimi səciyyələndirilən, muxtar respublikanın əsas elm, təhsil, ictimai fikir və mədəniyyət mərkəzlərindən olan Naxçıvan Dövlət Universiteti ölkəmizin ali məktəbləri sistemində yüksək nüfuzu, hərtərəfli inkişafı, yüksək ixtisaslı kadrların hazırlanması sahəsindəki fəaliyyəti ilə diqqəti cəlb edir. Naxçıvanda ilk ali təhsil ocağı 1967-ci ildə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun Naxçıvan filialı kimi fəaliyyətə başlamışdır. İlk tədris ilini 3 ixtisas üzrə 102 nəfər tələbəqəbulu ilə başlayan ali təhsil müəssisəsində birinci il cəmi 3 nəfər ştatda olan müəllim çalışırdı. Regionun yüksək ixtisaslı mütəxəssislərə olan tələbatını ödəmək zərurəti ali təhsil ocağının filial kimi deyil, müstəqil ali məktəb kimi fəaliyyətini şərtləndirdi. Bunun nəticəsində 1972-ci ildə filialın bazası əsasında Naxçıvan Dövlət Pedaqoji İnstitutu yaradılmışdır. İlk mərhələdə pedaqoji kadrlara olan təlabat zaman keçdikcə sosial-iqtisadi vəmədəni həyatın digər sahələrini də əhatə etdi, ali məktəb yeni ixtisasların açılmasını, fəaliyyətini daha geniş müstəvidə həyata keçirməyi qarşısına məqsəd qoydu. Bu səbəbdən Azərbaycan SSR Nazirlər Kabinetinin 29 dekabr 1990-cı il tarixli 584 saylı Qərarı iləPedaqoji İnstitut Naxçıvan Dövlət Universitetinə çevrilmişdir. Müxtəlif illərdə Naxçıvan Dövlət Universitetinə tarix elmləri namizədi, dosent Əli Əliyev (1967-1970), coğrafiya elmləri namizədi, dosent Səfərəli Babayev (1970-1972), texnika elmləri doktoru, professor İsrafil Məmmədov (1972-1977), tarix elmləri doktoru, professor İsak Məmmədov (1978-1984), AMEA-nın müxbir üzvü İsgəndər Cəfərov(1985-1989), kimya elmləri doktoru, professor Qasım Hüseynov (1989-1996), AMEA-nınhəqiqi üzvü İsa Həbibbəyli (1996-2013), biologiya elmləri doktoru, professor Saleh Məhərrəmov(2013-2019) rəhbərlik etmişlər. Hazırda tarix üzrə fəlsəfə doktoru, dosent Elbrus İsayevNaxçıvan Dövlət Universitetinin rektorudur. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevin 12 iyun 2002-ci il tarixli Sərəncamı ilə Naxçıvan Dövlət Universitetinə yüksək özünüidarə statusu, muxtariyyət hüququ verilmişdir. Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyev müxtəlif vaxtlarda(1974, 1992 (iki dəfə) və 1999-cu illərdə) 4 dəfə Naxçıvan Dövlət Universitetində olmuşdur. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Naxçıvan Dövlət Universitetinin Elektron kitabxanasının və Konservatoriyasının açılışında iştirak etmişdir. Universitetdə 43 kafedra fəaliyyət göstərir. Hazırda Naxçıvan Dövlət Universitetində 528 nəfər professor-müəllim heyəti çalışır ki, bunlardan 1 nəfəri Akademik, 5 nəfəri Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü, 31 nəfəri elmlər doktoru, 24 nəfər professor, 181 nəfəri fəlsəfə doktorudur ki, onlardan 162 nəfəri dosentdir. 139 nəfər baş müəllim və müəllimdir. Müəllimlər arasında xalq rəssamı, əməkdar elm xadimi, 10 nəfəri Azərbaycan Respublikasının əməkdar müəllimi, 3 nəfəri Azərbaycan Respublikasının əməkdar artisti, 4 nəfəri Azərbaycan Respublikasının əməkdar mədəniyət işçisi, o cümlədən32 nəfəri Naxçıvan Muxtar Respublikasının əməkdar müəllimi, 5 nəfəri əməkdar artisti, 2 nəfəri əməkdar bədən tərbiyəsi və idman xadimi, 2 nəfəri əməkdar həkimi, 5 nəfər əməkdar mədəniyət işçisi, əməkdar rəssamı, əməkdar incəsənət xadimi fəxri adlarına layiq görülənlər vardır. Naxçıvan Dövlət Universitetində 10 fakültədə (Tarix-filologiya, Beynəlxalq münasibətlər və hüquq, İqtisadiyyat və idarəetmə, Xarici dillər, Fizika-riyaziyyat, Memarlıq və mühəndislik, Təbiətşünaslıq və kənd təsərrüfatı, Tibb, Pedaqoji, İncəsənət fakültəsi), bir Xarici tələbələrlə iş üzrə dekanlıq və Magistratura və doktorantura mərkəzi bakalavriat səviyyəsi üzrə 78 ixtisas, magistratura üzrə 75 ixtisaslaşma, doktoranturada 52 ixtisasvərezidentura üzrə 38 ixtisasda ümumilikdə 10000-ə yaxın, o cümlədən 7 ölkədən 1726 nəfərə yaxın xarici tələbə təhsil almaqdadır. “Naxçıvan Musiqi Kollecinin Naxçıvan Dövlət Universitetinin tabeliyinə verilməsi haqqında” Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 8 iyun 2021-ci il tarixli Sərəncamı təhsil sisteminin dünyaya inteqrasiyası istiqamətində atılan addımların məntiqi davamıdır. Universitetin tabeliyində olan Naxçıvan Musiqi Kollecində isə subbakalavriat səviyyəsi üzrə 13 ixtisasda 516 tələbə təhsil alır. Kollecdə 178 nəfər müəllim çalışır. Naxçıvan Dövlət Universitetinin 108 hektarlıq ərazisində 13 tədris korpusu, Elektron Kitabxana, Konservatoriya, Sosial Xidmət Mərkəzi, Universitet Xəstəxanası, Olimpiya İdman Mərkəzi, 2 stadion və müasir tipli Tələbə evi yerləşir. Azərbaycan ali təhsil sistemində ilk dəfə olaraq tələbələr üçün 3 mərtəbəli Sosial Xidmət Mərkəzi, müasir tipli universitet Qonaq evi istifadəyə verilmişdir. Bununla yanaşı, Universitet xəstəxanasının fəaliyyəti genişləndirilmiş və ötən ilin may ayından etibarən xəstəxanada Cərrahiyyə, Laboratoriya, Stomatologiya, Ginekologiya və Göz şöbələri də fəaliyyətə başlamışdır. Universitetdə ən yüksək kampus simsiz internet şəbəkəsindən istifadə olunur. Burada 3 internet mərkəzi, Media mərkəzi, Universitet televiziyası (NDU tv), “Nuhçıxan radiosu”, Nəşriyyat, “Elmi əsərlər” jurnalı, “Yeni fikir” qəzeti və bir neçə muzey fəaliyyət göstərir.
Universitetin “Elmi əsərlər” jurnalı Ali Attestasiya Komissiyasının reyestrinə daxil edilmiş və beynəlxalq ISSN nömrəsi almışdır. Naxçıvan Dövlət Universiteti Cənubi Koreyanın KOICA təşkilatı ilə birlikdə “Elektron təhsil şəbəkəsi və rəqəmsal multimedia infrastrukturun yaradılması” layihəsini həyata keçirmişdir. Elektron Universitetin fəaliyyətə başlaması Azərbaycan ali təhsil məkanında büdcəsinə və layihəsinin genişliyinə görə ən irihəcmli və əhəmiyyətli layihələrdənbiri kimi tarixə düşmüşdür. Elektron təhsil, Onlayn Sənəd dövriyyəsi, Akademik İdarəetmə və s. kimi təhsilin idarəedilməsi modellərini özündə birləşdirən Elektron Universitet nəinki təhsilin elektron vasitələrlə həyata keçirilməsini, eyni zamanda elektron imtahanları da əhatə edir. Ölkəmizin ali təhsil müəssisələri arasında ilk dəfə Naxçıvan Dövlət Universitetində Distant Təhsil Mərkəzi istifadəyə verilmişdir.
Naxçıvan Dövlət Universitetində 65 minə yaxın kitab fondu olan kitabxanada “NDULİB” avtomatlaşdırılmış Kitabxana-İnformasiya İdarəetmə sistemi vasitəsilə bugünədək 5300 adda 50.000 sayda kitabın elektron kataloqu yazılmış, 6540 adda, 34804 sayda kitabın kataloqu hazırlanaraq oxucuların istifadəsinə verilmişdir. Yeni nəsil gəncliyin hərtərəfli inkişafını təmin etmək üçün Naxçıvan Dövlət Universitetində yaradılmış Tələbə Həmkarlar İttifaqı Komitəsi, Tələbə Gənclər Təşkilatı, Tələbə Elmi Cəmiyyəti, Tələbə teatr və opera studiyaları, xor, vokal və rəqs qrupları, İdman klubu səmərəli fəaliyyət göstərir. 2021-ci ildə Naxçıvan Dövlət Universitetində Tələbə Simfonik Orkestri yaradılmışdır. Ali təhsil ocağının tələbə təşkilatları universitetdə tələbələrin yaradıcılıq axtarışlarının, bilik və bacarıqlarının, dünyagörüşünün, təşkilatçılıq qabiliyyətlərinin daha da inkişaf etdirmələrinə, asudə vaxtlarının səmərəli təşkilinə genişimkan yaradır. Naxçıvan Dövlət Universiteti Avrasiya Universitetləri Birliyinin, Avropa Rektorlar Klubunun, Asiya Universitetlər Assosiasiyasının, Qara Dəniz Hövzəsi Universitetlər Birliyinin, Avrasiya İpək yolu Universitet Rektorları Cəmiyyətinin və Qafqaz Universitetlər Birliyinin üzvüdür. Beynəlxalq təşkilatlarla əlaqələr Naxçıvan Dövlət Universitetində tədris prosesində və elmi-tədqiqat işlərinin təşkilində, habelə idarəetmədə dünya təcrübəsindən yaradıcı şəkildə faydalanmağa imkan yaradır. Son illər beynəlxalq əlaqələrin genişləndirilməsi sahəsində görülən tədbirlərin nəticəsidir ki, hazırda universitetin dünyanın50-dən çox ölkəsinin 80-dən artıq ali təhsil ocağı ilə faydalı əməkdaşlıq əlaqələri vardır. “Naxçıvan Dövlət Universitetində Texnologiyalar parkının yaradılması haqqında” Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 14 dekabr 2020-ci il tarixli Sərəncamı bubaxımdan ali təhsil müəssisəsinin imkanlarını daha da genişləndirməklə yanaşı, beynəlxalq rəqabət qabiliyyətliliyin təmin olunması, innovativ layihələrin dəstəklənməsi və keyfiyyətli kadr hazırılığına son dərəcə böyük təsir imkanları yaradacaqdır. Texnopark vasitəsilə ortaq fəaliyyət imkanları əldə etmiş digər universitetlərin və onların pedaqoji kollektivi, peşəkar mütəxəssisləri ilə nəzəri araşdırmalarla yanaşı, təcrübi nəticələrin əldə olunmasında, bu fəaliyyətin iqtisadi, sosial, mədəni mahiyyətlə birlikdə, eyni zamanda, dünya elminə və təhsilinə inteqrasiyası təmin edilmişdir. Ali təhsilli kadrların elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirmə bacarığının formalaşması, müasir şəraitdə elmi-tədqiqat yönümlü yüksək ixtisaslı mütəxəssislərin hazırlanmasında mühüm əhəmiyyət kəsb edir. Bu məqsədlə Beynəlxalq münasibətlər və hüquq fakültəsində “Diplomatiya Mərkəzi” və “Kriminalistika” laboratoriyası, Pedaqoji fakültədə “Texnologiya mərkəzi” və “Atıcılıq mərkəzi”, Memarlıq və mühəndislik fakültəsində “Robototexnika” laboratoriyası, STEAM mərkəzi, Tibb fakültəsində “Əczaçılıq Simulyasiya” kabinəsi və Sosial Xidmət Mərkəzində “Yaşıl Əczaxana”, Tarix-filologiya fakültəsində “Muzeyşünaslıq”kabinəsi, Təbiətşünaslıq və Kənd təsərrüfatı fakültəsində “Yer quruluşu və kadastr, “Coğrafiya” adlı yeni kabinə və laboratoriyalar yaradılmışdır. 2022-ci il tarixdə Naxçıvan Dövlət Universitetinin Təbiətşünaslıq və Kənd təsərrüfatı fakültəsində Sitologiya, Histologiya, Embriologiya, Anatomiya kabinələrinin, fakültə kitabxanasının və həmin fakültənin Baytarlıqtəbabəti kafedrasında “Patalogiya” kabinəsi və Mikrobiologiya və virusologiya laboratoriyasının açılışı olmuşdur. 2022-2023-cü tədris ilində Naxçıvan Dövlət Universiteti ilə Türkiyənin Çankırı Karatekin Universiteti arasında ikili diplom layihəsi üzrə tələbə qəbulu həyata keçirmişdir. 2023-cü ildə ali təhsil ocağının qazandığı uğurlar içərisində ən mühümü Naxçıvan Dövlət Universiteti ilə dünyanın İT sahəsi üzrə nəhəng şirkəti olan IBM arasında Əməkdaşlıq Memorandumunun imzalanmasıdır. Dünyadakı universitetlərlə davamlı əlaqələr qurmaq, IBM-in 170 ölkəni əhatə edən Qlobal Ekosistemi ilə uyğunlaşmaq məqsədilə bağlanılan müqaviləyə əsasən IBM şirkəti ilə birlikdə Naxçıvan Dövlət Universitetində Proqramlaşdırma Mühəndisliyi İnstitutu (Software Engineering Institute) yaradılacaq. Proqramlaşdırma Mühəndisliyi İnstitutu akademik və əməkdaşlıq maraqları ilkin olaraq Süni intellekt, Buludtexnologiyaları, Kiber təhlükəsizlik, Məlumatlar bazası, Dizayn düşüncəsi sahələrinə yönələcək.
IELTS Qeydiyyat və İmtahan Mərkəzinin uğurla fəaliyyəti ali təhsil ocağında ingilisdilli mühitə töhfə verən yeni bir mərkəzin SAT–ın yaradılmasına gətirib çıxardı. Universitetin beynəlxalq rəqabətliliyinin artırılması, ikili diplom proqramlarının həyata keçirilməsi, universitetin beynəlxalq əlaqələrinin inkişafı istiqamətində öz müsbət addımları ilə yadda qalmaqla bərabər bu gün yaradılan SAT İmtahan mərkəzi nəinki universitetdə eyni zamanda Naxçıvanda ingilisdilli mühitin inkişafına mühüm töhfələriylə yadda qalacaq. Azərbaycan Respublikası Prezidenti cənab İlham Əliyevin Naxçıvan Muxtar Respublikasının sosial-iqtisadi inkişafına dair 2023–2027-ci illər üçün Dövlət Proqramı”nın təsdiq edilməsi haqqında Sərəncamını əsasən Naxçıvan Dövlət Universiteti ilə digər ölkələrin ali təhsil müəssisələri arasında əməkdaşlıqların gücləndirilməsi, birgə proqramların təşkil olunması, həmçinin ali təhsil müəssisələrində yeni məzmunlu proqramların (SABAH, ingilisdilli tibb fakültəsi, tibbi tədqiqat klinikası və s.) tətbiqi üzrə layihələrin həyata keçirilməsi məsələləri öz əksini tapıb. Universitetdə Tibbi kadrlara olan ehtiyacı nəzərə alaraq həmin ixtisas üzrə ingilisdilli ixtisasa qəbul həyata keçirilib.