Naxçıvan Dövlət Universitetində Dissertasiya Şurası 1998-ci ildə yaradılmışdır. Fəaliyyətinin ilk mərhələsində bu Şurada Azərbaycan ədəbiyyatı və Azərbaycan dili ixtisasları üzrə namizədlik dissertasiyalarının müdafiəsi keçirilmişdir. Sonrakı mərhələdə Şuranın tərkibi və əhatəsi genişlənmiş, Vətən tarixi, Pedaqogika nəzəriyyəsi və tarixi ixtisasları da əlavə olunmuşdur.
Hazırda Naxçıvan Dövlət Universitetində fəaliyyət göstərən FD.2.39 daimi, BFD 2.39/1 və BFD.4.24 birdəfəlik Dissertasiya Şuraları mövcuddur. Şuraların tərkibinə universitet alimləri ilə yanaşı, Bakıdakı elm və təhsil qurumlarından da mütəxəsisslər daxil edilmişdir. Dissertasiya Şuralarında aşağıdakı ixtisaslar üzrə fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsi almaq üçün dissertasiya müdafiələri keçirilir: 5716.01- Azərbaycan ədəbiyyatı, 5706.01-Azərbaycan dili, 5708.01-German dilləri, 5704.01-Dil nəzəriyyəsi, 5308.01-Ümumi iqtisadiyyat, 5311.01- Müəssiələrin təşkili və idarə olunması
İndiyədək Dissertasiya Şuralarında 1800 nəfərdən artıq tədqiqatçı fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsi almaq üçün dissertasiya müdafiə etmişdir. Həmçinin əlavə mütəxəssislər daxil edilməklə 20-yə qədər tədqiqatçının uyğun ixtisaslar üzrə elmlər doktoru elmi dərəcəsi alması üçün dissertasiya müdafiəsi təşkil olunmuşdur.