Naxçıvan Dövlət Universitetində 1999-cu ildən tibb ixtisasları üzrə mütəxəssis hazırlığı həyata keçirilir. Xəstəxana 2001-ci ildən  Universitetin Tibb fakültəsinin tərkibində  fəaliyyət göstərmiş, daha sonra 2015-ci il tarixdən Naxçıvan Dövlət Universitetinin yeni xəstəxanası fəaliyyətə başlamışdır. Xəstəxanada üç şöbə vardır: pediatriya, terapiya və cərrahiyyə. 3 mərtəbədən ibarət olan binanın birinci mərtəbəsində cərrahiyyə bloku yerləşir. 2 reanimasiya palatası, rentgen otağı, klinik laboratoriya, aptek və müayinə otağı var. Xəstəxanada eyni zamanda ultrasəs, elektrokardioqrafiya, tibb bacısı və həkim kabinələri var. 2 reanimasiya, 2-si  pediatrik olmaqla 9 çarpayı var.  Xəstəxanada diş, göz həkimi,  stomatoloji və əczaçılıq laboratoriytaları, fizioterapiya şöbəsi, sterilizasiya otağı,  3 auditoriya, oftalmoloji kabinə var.