Naxçıvan Dövlət Universitetində  dəftərxana 1967-ci ildən fəaliyyət göstərir. Universitetə daxil olan, eləcə də buradan göndərilən məktublar və digər sənədlər, ali məktəb həyatının bütün sahələri ilə əlaqədar olan əmrlər, həmçinin müvafiq arayışlar dəftərxanada qeydiyyata alınır, lazımi sənədlərin surətləri aid struktur bölmələrə çatdırılır.